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按所得稅法第14條第1項第3類第2款規定：「第三類：薪資所得：凡公、教、軍、警、公私事業職工薪資及提供勞務者之所得：二、前項薪資包括：薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利及各種補助費。但為雇主之目的，執行職務而支領之差旅費、日支費及加班費不超過規定標準者，及依第四條規定免稅之項目，不在此限。」，明定加班費不計入薪資所得課稅。財政部南區國稅局指出，最近發現某公司因工作業務性質的關係，員工加班時數難以明確計算，一律按月定額給付加班津貼，並誤以為只要按時薪換算的加班時數，1個月不超過46小時，即可免納所得稅，惟依國稅局之認定，營利事業對於員工以按月定額方式給付加班費者，應屬於津貼性質，不得適用免稅的規定，因此，該情形公司仍應依規定併員工薪資所得辦理扣繳申報。