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立法院院會於98年4月28日三讀通過稅捐稽徵法修正案，增訂稅捐稽徵法第12條之1，明訂稅捐機關認定課徵租稅的構成要件時，應以「實質經濟事實關係、及衍生的實質經濟利益的歸屬與享有」作為課稅依據，課稅構成要件由稅捐機關負舉證責任，納稅人則有協力舉證之義務。實質課稅原則明確入法，並由稅捐機關負課稅舉證責任。

實質課稅原則是指稅捐機關認定課徵租稅的構成要件，應該以實質經濟事實關係及其所生的實質經濟利益做為課稅依據，目前稅捐機關徵稅也普遍採取這個原則。但根據司法院的統計，目前我國租稅的爭訟案件，有90%以上就是因為實質課稅原則徵納雙方沒有共識，而發生實質行為與客觀要件不一致的爭議。此次修法將可使實質課稅原則正式落實於法條中。

立法院院會同日亦三讀通過菸酒稅法修正案，將現行蒸餾酒類每公升徵收新台幣185元的規定，修正為每公升按酒精成份每度徵收2.5元，院會並通過附帶決議，台灣菸酒公司銷售的米酒不得超過50元。。

此外，所得稅法修正案亦於98年5月1日三讀通過，綜所稅稅率由6%、13%、21%各調降1個百分點，課稅級距金額從所得淨額新台幣41萬元調高為50萬元，預計明年開始實施，民國100年報稅時適用，將有380萬戶綜所稅納稅義務人受益。三讀條文也修正，綜所稅課稅級距隨物價指數調整的門檻，將從現行的10%大幅調降到3%，未來累計物價漲幅達到3%以上，課稅級距金額就會跟著調整。至於營利事業所得稅部分，除將起徵額度由5萬元提高到12萬元，未來亦將採行單一稅率，由現行25%調降為20%，營利事業租稅負擔將大幅減輕，有助於產業間稅負分配之公平化。