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財政部、經濟部於民國103年5月6日會銜修正發布「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」（下稱研發投抵辦法），新法規定若當年度因同一事由連續違反食安、環保或勞工相關法規者，不得申請抵稅。

依產業創新條例授權訂定之研發投抵辦法規定，公司從事研究發展之支出，在同一課稅年度內得有百分之十五抵減當年度應納營利事業所得稅額，惟依新修正研發投抵辦法第2-1條規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件：一、依公司法設立之公司。二、當年度無就同一事由連續違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定情節重大之情事。三、具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」倘企業提出抵稅申請時，當年度曾因同一事由連續違反環保、勞工、食安等相關法令，且經主管機關裁定情節重大，則該公司當年度即喪失申請抵稅之資格。

此外，針對企業重大違反環保、勞工、食安等行為，財政部及經濟部均已另行提出稅捐稽徵法與產業創新條例的修正案，將就相關違法行為制訂處罰條款，目前正在立法院等待完成修法程序。