馬英九総統は7月20日午後、法務部が提案した廉政署設置に関する評価報告を聴取した後、総統府で記者会見を開き、政府が法務部の下に廉政署を設置し、同部調査局(汚職摘発は法務部調査局が担当してきたが、同局は防諜や経済犯罪取り締まりなど多くの役割を兼務)と連携して腐敗と不正を一掃し、汚職取締り、汚職防止を推進していく方針を発表した。最近は警察官が暴力団関係者経営の場所に出入りしたり、裁判官が集団で収賄を行って判決を変えたりするなど、不祥事が相次いでおり、対策を強化し、及び国民の期待に応え、国際的な流れに合致させるために専門の取り締まり機関を設けることになった。廉政署は発足時には約200名の専任スタッフを予定している。
廉政署には司法調査権を与え、専ら汚職不正の防止と取り締まりに当たらせるので、決して牙のないトラではない、行政院には早急に法改正の草案を作り、立法院(国会)に提出するように努力してほしいと馬総統は述べた。しかし、「廉政署と調査局の業務に重複するところがあるので、むしろ腐敗不正を取り締まる調査局の人員や予算などを拡大した方が効果的だ」という批判的な声も高まっている。これに対し、政府側は、廉政署と調査局は異なる調査機関であるが、両機関とも検察官の指揮下にあるため、逆に効率的且つ効果的な取締を実現できるではないか、と説明している。