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　　財政部於97年1月16日以台財關字第 09705500040  號令，修正發布「自由貿易港區貨物通關管理辦法」全文 26 條，並自發布日施行。據該部關政司表示，為簡政便民，行政院自由貿易港區協調委員會（以下簡稱協調會）及財政部近年來已多次對自由港區業務作出放寬措施之函釋，為期法規之明確，爰將上開函釋納入法規。本次修正除將協調會及財政部歷次之函釋納入法規外，為簡化業務以減輕業者負擔，及配合海關實務作業，亦修正相關條文，主要修正重點如下：

一、 減輕業者負擔：

　　修正第2條，刪除該條後段有關港區貨棧：「其設置或登記應符合海關管理進出口貨棧辦法、海關管理貨櫃集散站辦法相關規定」之文字，免除港區貨棧向管理機關登記後，仍需再向海關登記及繳納保證金之規定。

二、 增加業者之營運項目及商機：

　　增訂第8條第4項，依財政部96年7月5日台財關字第09600266670號函，免稅貨物輸往課稅區或保稅區辦理委託修理者，其免稅貨物包括待維修之本體及供其修理所需之零、組件。

三、 簡化自由港區貨物之通關作業：

　　依財政部96年7月20日台財關字第09605503660號函，自由港區事業申請將「進口應課徵貨物稅」之免稅貨物輸往保稅區，不受舊法第6條之3第4項規定不得辦理按月彙報之限制，爰修正並移列至第9條第4項第6款。另依協調會第18次工作小組會議決議，自由港區事業貨物區內交易或運往其他自由港區之通報案件，得向海關申請以按月彙報方式辦理，爰配合增訂第11條。

四、 其他：

(一) 增訂第13條，依協調會95年6月7日經協字第0950000955號函，規定課稅區輸往自由港區事業供營運之貨物及設備視同出口，得依相關法令減免或退還相關稅捐。

(二) 修正第14條，依財政部94年7月15日台財關字第09400227260號及同年12月8日台財關字第09405507210號函，規定自由港區事業貨物輸往課稅區之完稅價格之核估方式。

(三) 修正第22條，規定自由港區事業貨物之運送工具及港區門哨控管相關規定等，以配合實務作業。