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行政院會於民國97年7月24日通過「人類胚胎及胚胎幹細胞研究條例」草案，此法案對建構生技產業有利發展環境、疾病治療技術研發等，將產生正面積極影響。但為避免危害倫理道德及善良風俗，條例仍嚴禁對胚胎或幹細胞提供者，誘以金錢或個人利益作為報酬，僅可酌給必要費用。

行政院長劉兆旋表示，此條例草案對胚胎幹細胞的研究管理，併行合理禁止、有效管理之策略，將有助於台灣生物醫藥科技之發展、疾病治療技術的創新，及國民健康福利的提升。

由於人體胚胎幹細胞研究，涉及對胚胎生命權之爭議，引發人類倫理問題，各國法令規範寬嚴不一，參考中國大陸、南韓、瑞典、印度等國管理規範，允許使用生殖用之剩餘胚胎，及以體細胞核轉殖製造研究用胚胎，以進行研究。依據草案規定，研究用胚胎來源為自然流產、依法施行之人工流產、依人工生殖法規定得提供研究使用之胚胎，以及體細胞核轉殖製造及其他經主管機關公告者。

草案並明定研究人員取得研究用組織前，應以提供者可理解之方式，告知提供者權益、研究目的、重要性、預計成果等必要事項，並經其書面同意。為避免危害道德倫理及善良風俗，草案明定嚴禁對提供者誘以金錢或個人利益作為報酬，僅可酌給交通費、膳食費等必要費用。

另外，草案並明定，人類胚胎及胚胎幹細胞研究，禁止使用之材料或研究方法計有八大項，包括：不得將使用體細胞核轉殖技術製造之胚胎，植入人類或其他物種之子宮、以人工受精方式製造胚胎，供作研究、製造雜交體、以其他物種細胞核植入去核之人類卵細胞、製造或繁衍具有人類生殖細胞之嵌合物種，及其他經主管機關公告禁止之材料或研究方法。如違反前述禁止規定，得處研究人員七年以下有期徒刑，併科新台幣(下同)200萬元以下罰金，研究機構也將並處20萬元以上200萬元以下罰鍰，若以強暴脅迫等不正當方式取得研究用組織者，處五年以下有期徒刑，得併科200萬元以下罰金。

針對有效管理方面，草案規定，主管機關應訂定分級審查標準，研究機構並應設置審查會，針對相關研究計畫加以審查。