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司法院大法官會議於97年10月31日作出釋字第650號解釋，認為財政部及國稅局僅依據行政命令，即對借錢給股東而未收取利息或利率太低的公司，設算利息收入後課稅，違反憲法第19條租稅法定主義，該規定即日起失效，未確定案件，一律撤銷補稅及罰款處分。

財政部表示，將配合所得稅法修正案增訂相關條文，最快在今年底提案修法。

被國稅局設算利息課稅的案件很多，包括知名食品公司羅莎等。營建、化工、傳統產業的母子公司借貸情形最為頻繁，投資公司則是常以「股東往來」的名義，把錢借給股東。其中爭議最大的是公司資金被股東侵占，東隆五金當年遭大股東掏空，即被國稅局認定是出借資金給侵占者，差點課稅上億元。

這起重大釋憲，是由台北市德豐公司的邵姓負責人提出。邵姓業者不滿國稅局逕自依照營利事業所得稅查核準則第36條之1第2項規定，對德豐借貸給玉來建設及德亨建設的兩筆款項，核算利息收入後，核定補稅、加處漏稅額一倍罰款，業者提起行政救濟，都未獲得平反，因此轉向司法院聲請釋憲，主張該行政命令沒有所得稅法的授權。

大法官會議認為，所得稅法92年1月在第80條第5項雖然增訂授權財政部訂定查核準則的依據，但該依據之授權範圍只包括「查核影響所得額、應納稅額與稅額扣抵計算項目」，並未賦予稅捐機關自行設算廠商利息收入課稅的權限。縱然設算利息的規定可以防止不肖業者避稅，但在沒有法律授權稅捐機關可以自行設算利息，顯然已經逾越所得稅法的規定，增加納稅人的負擔。