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行政院於98年2月9日決定同意賦改會提出之所得稅法修正案中，針對綜合所得稅率，就現行21％以下之三個級距6％、13％、21％，再各調降一個百分點，即調降為5%、12%、20%，預計約有7成納稅人受惠。

營業所得稅率亦將由25％調降為20％。對於未分配盈餘加徵10％營所稅之規定是否取消的問題，官員表示，維持課稅可防杜公司藉由保留盈餘規避股東綜所稅稅負，且可避免應稅股利轉化為免稅之證券交易所得，維護租稅公平，故傾向建議保留不取消。而針對四項功能性獎勵保留，財政部希望在所得稅法修正及產業創新條例中並列，故這部分另待財經二部協商。

稅務行政簡化亦為本次修法重點，擬針對大店戶獨資資本主或合夥人，改為免繳納營業所得稅，只需申報，其所得直接歸課個人綜合所得稅，且過去暫繳規定也取消，納入免暫繳營所稅項目。如此一來，像餐廳等25萬戶獨資合夥人將可受惠，省去資金預繳壓力及退稅補稅等徵納成本。

此外，依大法官會議第650號解釋，過去有關公司無息貸予股東的報稅規定只以營利事業查核準則處理，大法官認為此係以行政規則增加所得稅法所無之限制而宣告其違憲，因此本次修正擬將此一規定提升至法律位階，修訂所得稅法第36條之1第2項相關規定。另外，部分稅法也調整將與商業會計法一致，使稅會與財會趨於一致性。