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為實施噸位稅制，行政院院會於11月19日通過財政部草擬之「所得稅法」部分條文修正草案，增訂自明年（99年度）起，營利事業經營海運業務之收入，得選擇以船舶淨噸位推計所得課稅之規定，該草案將送請立法院審議。

依所得稅法修正草案中新增之第24條之4規定，自99年度起，總機構在中華民國境內經營海運業務的營利事業，符合一定要件，經中央目的事業主管機關核定者，其海運業務收入得選擇以船舶淨噸位計算營利事業所得額。計算標準如下：

各船舶淨噸位在1000噸以下者，每100淨噸位之每日所得額為新台幣57元；超過1000噸到1萬噸者，超過部分每100淨噸位之每日所得額為42元；超過1萬噸到2.5萬噸者，超過部分每100淨噸位每日所得額為27元；超過2.5萬噸者，超過部分每100淨噸位每日所得額為12元。

營利事業經營海運業務收入經選定採前述之噸位稅制後，應連續適用10年，不得變更。一旦選定，就不適用相關虧損扣除與其他法律關於租稅減免之規定。

對此，行政院長吳敦義表示，噸位稅之實施將有助我國海運事業之發展。不過部分航運業者則認為，國內船舶大都以權宜輪為主，國輪相對較少，首先就沒有噸位稅的考量，且若船舶改掛國輪，因目前規定國輪須有一定比例之中華民國籍船員，而台灣現在船員供給短缺問題嚴重，改掛國輪也面臨困難。

另外，本次修正草案亦增訂反自有資本稀釋的「反避稅條款」，即自99年度起，營利事業對關係人的負債占業主權益超過一定比率者，超過部分的利息支出不得列為費用或損失。而該負債占業主權益之一定比率是否比照國際規範，訂為3比1，則授權財政部衡酌國情後定之。行政院希望透過此一條款，防杜跨國企業利用關係人債權融資負債規避租稅。