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由於目前有關稅務訴願、行政訴訟等救濟案件，大多維持原處分，納稅義務人透過行政爭訟救濟成功之機率很小。在稅改聯盟推動下，賦改會著手研議納稅義務人之保護。由於財政部堅持不要訂立新法，故只在稅捐稽徵法中增列專章。立法院財政委員會2009年11月25日審查通過「稅捐稽徵法部分條文修正草案增訂納稅義務人權利保護專章」。

草案內容除明訂財政部等機關不得以行政命令增加或減少人民納稅義務外，在調查程序上，稅務人員不得以不當方法取得自白或證據，且稽徵機關做成處分前，應給納稅人陳述意見之機會。未來可避免行政機關稽徵過當，納稅義務人履行義務同時也充分享有基本人權，俾保障納稅義務人之權益。

另外，營利事業未依規定給予他人憑證、或保存憑證、或應自他人取得憑證而未取得，過去罰鍰未有上限，據傳有些企業因未依規定開立憑證，被加處之行為罰鍰就高達1億元，甚至有企業因罰鍰過高無力繳納而倒閉。草案亦增訂罰鍰上限100萬之規定，以保護企業不會因為違規行為遭到行政部門施以過當之處罰。

此外，對於財政部擬解決民眾不繳罰款問題而提出之二個增修條文，即增訂逾期繳納之罰款，需加徵滯納金，且逾期30日須移送強制執行之規定，及罰鍰在行政救濟終結前應提供一半擔保等，都未獲財委會通過。