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立法院已於98年12月22日三讀通過行政訴訟法部分條文修正案，共計修正66條條文，此乃行政訴訟新制從89年7月1日施行以來，最大幅度的修正。主要修正重點包含：訴訟管轄酌採「以被就原」原則、簡易程序放寬案件適用之訴訟金額、訴訟費用溢收返還、第三人聲請閱卷改由合議庭裁定、損害賠償額得由法院自行心證認定及得以傳真或電子郵件遞狀等新措施，希望達成「便利人民訴訟」、「保障人民權益」及「提升司法效能」三大目標。本次修法內容也為將來規劃於100年施行之行政訴訟新制--成立地方法院行政訴訟庭，奠立健全法制之基礎。

首先，為便利民眾訴訟，針對勞保、健保、公保等保險訴訟及公務員職務關係之訴訟案件，可例外採「以被就原」之原則。例如公法上保險事件訴訟，可由被保險人、受益人之住居所地或被保險人工作地之行政法院管轄；因公務員任用、俸給、退休等職務關係發生爭訟，可由公務員職務所在地之行政法院管轄（第15條之1及之2）。此外，如因不動產發生爭訟，除徵收、徵用或撥用所生之訴訟，專屬於不動產所在地之行政法院管轄外，其他和公法上權利或法律關係有關之不動產訴訟，亦可由被告公務所或住居所地之行政法院管轄（第15條）。

其次，修法前如訴訟標的金額或價額在新台幣20萬元以下，應適用簡易訴訟程序，惟此一標準偏低，故本次修正將簡易程適用之門檻提高為40萬元以下（第29條、第230條）。且此次修法增訂退費新制，對於訴訟費用如有溢收情事，行政法院應依聲請或依職權裁定返還（第12條之5、第104條）。另於寄存效力上亦增訂自寄存日起經10日發生送達效力，以避免當事人外出期間受有寄存送達，未及獲知寄存文件之內容，而影響其訴訟權益（第73條），此項修正符合司法院釋字第667號解釋意旨。

再者，於訴訟上有關損害賠償訴訟案件，如原告已經證明受有損害，而在客觀上不能證明損害之數額或證明顯然有重大困難時，增訂法院應審酌一切情況，依所得心證確定其數額，以符合訴訟經濟原則，並避免強人所難，失之嚴苛（第189條）。同時，為有效提升司法效能，修正案並針對第三人聲請閱覽訴訟卷宗，原規定由行政法院院長許可，修正為由實際負責審理之行政法院（即合議庭或獨任法官）裁定許可。且依照新法規定，當事人可以用傳真、電子郵件遞送訴訟狀，以加速傳送效率（第59條、第83條）。