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農村再生條例於99年7月14日經立法院三讀通過後，該條例之適用範圍已產生爭議。有立委指出，農村再生條例第3條第1款之規定：「農村社區：指非都市土地既有一定規模集居聚落及其鄰近因整體發展需要而納入之區域，其範圍包括原住民族地區。」，有定義模糊的問題，未來佔全台土地87％的非都市土地，將因可交由非土地專業的行政院農業委員會水土保持局(下稱水保局)管理而陷入危機，強徵土地更有滅農的疑慮。就此，水保局主任秘書簡俊發表示，農再條例適用的土地面積僅限於二萬五千公頃的鄉村區，佔現行編定土地面積二七○萬公頃，僅不到一％；且農再條例之規定均不涉及地目變更，仍依照現行土地管制的規範。

另，農再條例第十七條規定：「農村再生發展區內土地使用，應配合農村再生發展區計畫內容實施管理。(第1項)前項農村再生發展區範圍內之土地容許使用項目、認定基準、土地使用強度、建築風貌、管理監督方式、審核程序及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關會商中央地政及營建主管機關定之。(第2項)」，也遭立委批評為「空白授權」。該立委進一步指出，原本非都市土地就已有「農地重劃條例」、「農村社區土地重劃條例」等法令規範，現在農再條例通過，等於凌駕在這些法令之上，且現在農再條例對農再發展區的土地管理，只以訂定辦法方式處理，權限極大，未來對土地的管理恐大開方便之門。