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一直被視為歷史共業的「特別費」，於95、96年間涉入之相關人員包括副總統蕭萬長、前副總統連戰、行政院長吳敦義等7,500人，此次立院三讀通過增訂會計法第99條之1，將特別費除罪化，上千名的政務官與幕僚均可望解套。

立院三讀通過的條文為：「中華民國95年12月31日以前，各機關支用之特別費，其報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員之財務責任均視為解除，不追究其行政及民事責任；如涉刑事責任者，不罰」。

原本民進黨團提案希望將特別費、機要費、機密費、民代助理費等都予以法制化，只要持單據等核銷者，相關人員的責任都視為解除，且不再追究其行政及民、刑事責任，但遭國民黨團刪除。至於未來是否擴大除罪適用對象，馬英九表示認同，可以再討論。

行政院主計處主計長石素梅在初審時說明，民意代表研究費、村里長事務補助費及村里辦公費等各項費用，依98年7月8日修訂的「地方民意代表費用支給及村里長事務補助費補助條例」規定辦理；國務機要費部分，總統府也已於95年9月12日重新修訂完成「總統府執行國務機要經費作業規定」，對相關會計憑證及報支程序，均已回歸會計法、審計法及國家機密保護法等規定辦理。